לא ניתן לקזז קנסות משכרו של עובד ללא עוגן חוקי והוראה מפורשת בהסכם העבודה. בטח לא להחזיק את שכרו ולא לשלם במועד. אם תעשי זאת את צפויה לתביעה של הלנת שכר. מה שכן, עליך להחתים את העובדים מראש, במסגרת חוזה העבודה שלהם, על-כך שקנסות יקוזזו מהשכר - בדומה להסכמה לקיזוז קנסות תעבורה וחנייה אצל עובדים שנוהגים ברכב חברה למשל - ואז תוכלי לקזז את הקנס מהמשכורת.
בכל מקרה, אני ממליץ לך לפנות לעורך דין שייסע לך לנסח חוזי עבודה מתאימים על מנת להתמודד בעתיד עם בעיות דומות.